Charlotte Emlinger est économiste au CEPII dans le programme Analyse du Commerce International et coordonne les contrats de recherche pour le centre. 

Titulaire d'un doctorat en Sciences économiques de l'Institut Agro Montpellier et d'une HDR de l'université Paris Saclay, elle est spécialiste du commerce international. 

Ses recherches actuelles portent sur les politiques commerciales (accords de libre échange, sanctions, guerres commerciales, mesures non tarfaires), la compétitivité des entreprises exportatrices et l'impact des standards et de la qualité sur le commerce. Elle s'intéresse plus particulièrement au commerce de produits agricoles et agro-alimentaires. 

Charlotte Emlinger a passé trois ans au département d'économie agricole et appliquée de Virginia Tech, où elle a travaillé pour le Centre pour le commerce agricole (CAT), en particulier sur l'impact des guerres commerciales sur le commerce agricole américain.